Наказание в виде штрафа исполняется судом, вынесшим приговор, либо судом по месту жительства (работы) осужденного.

Наказание в виде лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью исполняется уголовно - исполнительной инспекцией по месту жительства (работы) осужденного, исправительным центром, исправительным учреждением или дисциплинарной воинской частью. Требования приговора о лишении права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью исполняются администрацией организации, в которой работает осужденный, а также органами, правомочными в соответствии с законом аннулировать разрешение на занятие соответствующей деятельностью.

Наказание в виде лишения специального, воинского или почетного звания, классного чина и государственных наград исполняется судом, вынесшим приговор. Требования приговора о лишении специального, воинского или почетного звания, классного чина и государственных наград исполняются должностным лицом, присвоившим звание, классный чин или наградившим государственной наградой, либо соответствующими органами Российской Федерации.

Наказание в виде обязательных работ исполняется уголовно - исполнительной инспекцией по месту жительства осужденного.

Наказание в виде исправительных работ исполняется уголовно - исполнительной инспекцией.

Наказание в виде ограничения свободы исполняется исправительным центром.

Наказание в виде ареста исполняется арестным домом.

Наказание в виде лишения свободы исполняется колонией - поселением, воспитательной колонией, лечебным исправительным учреждением, исправительной колонией общего, строгого или особого режима либо тюрьмой, а в отношении лиц, указанных в статье 77 УИК РФ, следственным изолятором.

Наказание в виде пожизненного лишения свободы исполняется исправительной колонией особого режима для осужденных, отбывающих пожизненное лишение свободы.

Наказание в виде смертной казни исполняется учреждениями уголовно - исполнительной системы.

В отношении военнослужащих наказания исполняются: содержание в дисциплинарной воинской части - специально предназначенными для этого дисциплинарными воинскими частями; арест - командованием гарнизонов на гауптвахтах для осужденных военнослужащих или в соответствующих отделениях гарнизонных гауптвахт; ограничение по военной службе - командованием воинских частей, в которых проходят службу указанные военнослужащие (далее - командование воинских частей).

Условно осужденные находятся под контролем уголовно - исполнительных инспекций. За условно осужденными военнослужащими контроль осуществляется командованием воинских частей.

Организационная структура ГУИН Министерства юстиции РФ является достаточно сложной, кроме собственно центрального аппарата (состоящего из более чем двадцати управлений, самостоятельных отделов и иных подразделений). В его состав входят: территориальные главные управления исполнения наказаний Министерства юстиции (например, по Кемеровской области, Красноярскому краю, Самарской области и т.п.), управления лесных исправительных учреждений Министерства юстиции РФ (в ряде случаев расположенные на территориях нескольких субъектов Российской Федерации), территориальные управления (отделы) исполнения наказаний Министерства юстиции (например, по Томской области, Костромской области и т.п.) и непосредственно учреждения и органы, исполняющие наказания (колонии - поселения, исправительные колонии общего, строгого и особого режима (в том числе и для лиц, отбывающих пожизненное лишение свободы), воспитательные колонии, лечебные исправительные учреждения, тюрьмы, следственные изоляторы (как в части исполнения наказаний в отношении отдельных категорий осужденных, так и в качестве структурного элемента уголовно - исполнительной системы), и система уголовно - исполнительных инспекций. 

Кроме того, в состав ГУИН и его органов на местах входит большое число учреждений, организаций, учебных заведений, научно - исследовательских центров, лечебно - оздоровительных баз и т.п. структур, призванных осуществлять обеспечивающие функции уголовно - исполнительной системы. Следует подчеркнуть, что список учреждений и органов, входящих в уголовно - исполнительную систему, периодически уточняется и пополняется специальными постановлениями Правительства РФ. Уголовно - исполнительная система исполняет наказания в виде: лишения права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью, обязательных работ, исправительных работ, ограничения свободы, ареста, лишения свободы (в том числе и пожизненного), смертной казни. На нее также возложен контроль за условно осужденными.

Министерство обороны РФ исполняет в отношении осужденных военнослужащих следующие виды наказаний: лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью, ограничение по военной службе, арест, содержание в дисциплинарной воинской части. Командование воинских частей, где проходят службу военнослужащие, осужденные условно, осуществляет за ними контроль. Подробный комментарий смотри в разделе пятом (ст. 149 - 171 УИК РФ).

Уголовно - исполнительная система представляет собой наиболее многочисленную структуру, включающую учреждения, персонал, осужденных, подозреваемых и обвиняемых. На 1 января 2001 г. УИС Минюста РФ насчитывала: 998 учреждений (исправительных колоний - 737, воспитательных колоний - 64, следственных изоляторов и тюрем - 197 (из них - 13 тюрем), в которых содержалось в общей сложности 923765 человек. Кроме того, в УИС имелось 1892 уголовно - исполнительных инспекции, в которых стояло на учете 336756 осужденных (в 2000 г. была проведена массовая амнистия, в связи с чем численность стоящих на учете осужденных против обычного сократилась почти в два раза). Персонал УИС насчитывает свыше 350 тыс. человек, включая как аттестованный состав, так и вольнонаемных работников.